ศูนย์จุลินทรีย์เป็นแหล่งกลางรวบรวมเก็บรักษาสายพันธุ์จุลินทรีย์นอกถิ่นกำเนิดที่มีประโยชน์ในการเกษตร อุตสาหกรรมและสิ่งแวดล้อม ภายใต้มาตรฐาน ISO 9001:2008 นอกจากนี้ยังเป็นหน่วยบริการด้านจุลินทรีย์ (service culture collection) แห่งเดียวในประเทศไทย ที่ได้รับการจัดตั้งขึ้นโดย UNESCO เมื่อปี พ.ศ. 2519 ให้ทำหน้าที่เป็นศูนย์ฯ ในระดับภาคพื้นเอเชียอาคเนย์และเป็นศูนย์เครือข่ายระดับโลก (UNESCO World Network of Microbiological Resources Centre-MIRCEN ) ดำเนินกิจกรรมงานวิจัยและงานบริการด้านจุลินทรีย์เพื่อการอนุรักษ์และการใช้ประโยชน์ทรัพยากรจุลินทรีย์อย่างยั่งยืน