สถานีวิจัยสิ่งแวดล้อมสะแกราชปกคลุมด้วยป่าไม้สำคัญ 2 ชนิด ได้แก่ป่าดิบแล้ง ( Dry Evergreen forest )และป่าเต็งรัง ( Dry Dipterocarp forest )พันธุ์ไม้ที่สำคัญของป่าดิบแล้งชนิด นี้ประกอบด้วย    ตะเคียนหิน   ( Hopea ferrea )   ตะเคียนทอง ( Hopea adorata )  กระเบากลัก ( Hydnocarpus ilicifolius )เป็นต้น  ส่วนป่าเต็งรัง  ประกอบด้วย   เต็ง ( Shorea obtusa )  รัง ( Shorea Siamensis )     พะยอม  ( Shorea floribunda )  เป็นต้น ป่าทั้งสองชนิดครอบคลุมเนื้อที่ประมาณร้อยละ  70  ของพื้นที่ สถานีฯ สะแกราช  นอกนั้นเป็นป่าชนิดอื่น เช่น ป่าไผ่  ป่าปลูก ทุ่งหญ้า เป็นต้น